Từ khi tái lập huyện (9/1994) đến nay, Đảng bộ huyện Yên Khánh đã trải qua 6 kỳ Đại hội. Mỗi kỳ Đại hội là mốc son khẳng định bước trưởng thành của Đảng bộ và nhân dân huyện nhà vì quê hương Yên Khánh giàu đẹp, văn minh.

Về kinh tế: từ năm 1994-2022: Kinh tế liên tục phát triển: Tốc độ tăng trưởng từ 5,5% năm lên bình quân 12,5% (năm 2020) (nhiều năm đạt 15, 16%, năm 2018 đạt 13,5%); giá trị sản xuất nông, lâm nghiệp, thủy sản đạt 166,83 triệu đồng năm 2022; thu nhập bình quân đầu người đạt 58,39 triệu đồng. Đẩy mạnh xây dựng mô hình sản xuất nông nghiệp áp dụng khoa học công nghệ cao, tạo chuỗi giá trị liên kết từ khâu sản xuất đến tiêu thụ sản phẩm đạt nhiều kết quả tích cực đưa Yên Khánh trở thành huyện đứng đầu về chuyển dịch cơ cấu nông nghiệp. Sản xuất công nghiệp, tiểu thủ công nghiệp cũng có bước phát triển mạnh mẽ; trên địa bàn huyện có 2 khu công nghiệp và 2 cụm công nghiệp, có 7 làng nghề được UBND tỉnh công nhận.

Phong trào xây dựng nông thôn mới, nông thôn mới nâng cao đạt được nhiều kết quả nổi bật. Năm 2018 huyện Yên Khánh được Thủ tướng Chính phủ công nhận huyện đạt chuẩn nông thôn mới (hoàn thành trước 02 năm so với mục tiêu Đại hội đề ra). Đến hết năm 2022, huyện có 11/18 xã đạt NTM nâng cao, NTM kiểu mẫu; phấn đấu đạt huyện NTM nâng cao vào năm 2023. Những kết quả đạt được trong phong trào xây dựng nông thôn mới đã làm thay đổi căn bản bộ mặt nông thôn, đời sống vật chất tinh thần nhân dân được nâng lên rõ rệt, góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế xã hội của huyện.

Về lĩnh vực văn hóa - xã hội được tập trung chăm lo phát triển. Đến nay huyện Yên Khánh đã cơ bản hoàn thiện hệ thống cơ sở vật chất về y tế, giáo dục, văn hóa, thể dục thể thao đáp ứng nhu cầu chăm sóc sức khỏe, học tập, vui chơi, giải trí và sáng tạo của các tầng lớp nhân dân; đảm bảo hài hòa giữa phát triển kinh tế là trung tâm, phát triển văn hóa là nền tảng tinh thần xã hội. Ngành giáo dục huyện nhà luôn đứng tốp đầu của tỉnh; chất lượng giáo dục toàn diện được nâng lên; an sinh xã hội được quan tâm triển khai thực hiện, khuyến học, khuyến tài được phát triển mạnh mẽ; cổ vũ, động viên thế hệ trẻ Yên Khánh vươn lên học giỏi, cống hiến tài năng cho sự nghiệp xây dựng và bảo vệ Tổ quốc.

Về lĩnh vực Quốc phòng – An ninh: Các cấp ủy, chính quyền đã chỉ đạo và thực hiện tốt nhiệm vụ phát triển kinh tế đi đôi với củng cố, tăng cường QP-AN. Thường xuyên chăm lo xây dựng lực lượng quân đội, công an trong sạch, vững mạnh; xây dựng khu vực phòng thủ vững chắc; không để xuất hiện địa bàn trọng điểm, phức tạp về an ninh trật tự, không có tụ điểm phức tạp về trật tự xã hội. Các loại tai, tệ nạn xã hội và các hành vi vi phạm pháp luật được kiềm chế giảm qua từng năm qua đó đã góp phần tạo môi trường ổn định để phát triển kinh tế - xã hội.

Về nhiệm vụ xây dựng Đảng, xây dựng hệ thống chính trị luôn được tập trung chỉ đạo; phong trào thi đua học tập và làm theo tư tưởng, đạo đức, phong cách của Bác được đẩy mạnh, đạt nhiều kết quả, tạo sức lan toả trong toàn xã hội. Có nhiều tập thể, cá nhân được các cấp khen thưởng. Tổ chức thực hiện tốt việc sắp xếp tổ chức bộ máy gắn với tinh giản biên chế và sắp xếp, kiêm nhiệm đối với người hoạt động không chuyên trách ở xã, thị trấn, thôn, xóm, phố; thực hiện nền nếp các chủ trương, giải pháp về nâng cao chất lượng hoạt động của chi bộ, năng lực lãnh đạo, sức chiến đấu của các TCCSĐ; Hiệu quả hoạt động, năng lực quản lý, điều hành của chính quyền các cấp được nâng lên. Thường xuyên quan tâm đào tạo, bồi dưỡng nâng cao trình độ, chuyên môn nghiệp vụ cho đội ngũ cán bộ. Công tác tập hợp, vận động quần chúng, hoạt động của Mặt trận Tổ quốc và các đoàn thể ngày càng hiệu quả; niềm tin của nhân dân đối với sự lãnh đạo của Đảng ngày càng được củng cố vững chắc.

Với những đóng góp to lớn của Đảng bộ và Nhân dân trong huyện đã được nhận nhiều phần thưởng, danh hiệu cao quý: Chủ tịch nước tặng Huân chương Độc lập hạng Ba, Huân chương Lao động hạng Nhất, Nhì, Ba, Thủ tướng Chính phủ tặng cờ thi đua xuất sắc; Đảng bộ huyện được Ban Thường vụ Tỉnh uỷ tặng Cờ thi đua xuất sắc tiêu biểu, nhiệm kỳ 2010-2015, 2015-2020, được vinh danh toàn quốc dịp kỷ niệm Quốc gia 90 năm Ngày thành lập Đảng Cộng sản Việt Nam. Toàn huyện, có 06 xã được Chủ tịch nước phong tặng danh hiệu Anh hùng LLVT nhân dân; 03 đơn vị được phong tặng danh hiệu Anh hùng thời kỳ đổi mới; có 44 người được công nhận có công với cách mạng cán bộ lão thành cách mạng, có 200 bà mẹ được phong tặng, truy tặng “Mẹ Việt Nam Anh hùng”; có 3 người con quê hương Yên Khánh là Uỷ viên Trung ương Đảng - Bí thư Tỉnh uỷ Ninh Bình, Lạng Sơn; nhiều người con quê hương Yên Khánh là cán bộ chủ chốt của tỉnh Ninh Bình; Uỷ viên Ban Thường vụ Tỉnh uỷ Ninh Binh Bình, lãnh đạo các sở, ngành của tỉnh; 15 cán bộ lực lượng vũ trang (quê hương Yên Khánh) được phong hàm cấp tướng, trên 100 cán bộ được phong hàm đại tá; có hàng trăm Tiến sỹ, Giáo sư, Phó Giáo sư; 01 thầy thuốc Nhân dân, 01 nghệ sỹ Nhân dân (quê hương Yên Khánh), 04 Nghệ nhân ưu tú, 7 Nhà giáo ưu tú.