Căn cứ Nghị quyết số 1674/NQ-UBTVQH15 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã của tỉnh Ninh Bình năm 2025. 
Xã Yên Khánh được thành lập trên trên cơ sở sắp xếp thị trấn Yên Ninh và các xã Khánh Cư, Khánh Vân, Khánh Hải thành Xã mới có tên gọi là Xã Yên Khánh.